Die ersten Planungen für eine neue katholische Garnisonkirche begannen bereits im Dezember 1959. Neben ihrer Eigenschaft als zivile Pfarrkirche ist sie zugleich Kirche der katholischen Militärgemeinde Wilhelmshaven. In der Urkunde über die Grundsteinlegung der St. Petrus-Kirche in Wilhelmshaven vom 16. Dezember 1964 heißt es:
 
„Das Jahr 1956 brachte für die katholische Seelsorge in Wilhelmshaven neue große Aufgaben. Es galt, die katholischen Soldaten der neuen Bundesmarine am Standort Wilhelmshaven in unsere Verantwortung hineinzunehmen. Hingewiesen sei in diesem Zusammenhang auf den Codex Juris Canonici (CIC), das kirchliche Gesetzbuch, in dem die Militärseelsorge durch die Weimarer Verfassung und das Grundgesetz sowie dem Reichskonkordat, geregt ist.“  

Weiter heißt es in der Urkunde:

„Möge dieses Werk mit Gottes Hilfe glücklich vollendet und zu einer Stätte des Heils werden.“

Unterschrift: Bischöflicher Offizial für den Oldenburgischen Teil der Diözese Münster, Domkapitular Prälat Heinrich Grafenhorst.
 
Am 29. Juni 1968, Gedenktag der Apostel Petrus und Paulus, wurde die Garnison- und Pfarrkirche St. Petrus vom damaligen Weihbischof Laurens Böggering eingeweiht.
 
Der neu errichteten St. Petrus-Kirche in Wilhelmshaven wurde ein eigener Seelsorgebezirk zugeschrieben.  Dieser Seelsorgebezirk wurde mit Wirkung vom 15. Dezember 1967 zum Pfarrrektorat erhoben.
 
Pfarrer des neuen Seelsorgebezirks wurde Militäroberpfarrer August Vornhusen. Er leitete die Gemeinde bis zu seiner Pensionierung im Jahre 2001.
 
Von 2001 bis Februar 2008 wurde St. Peter vom Pfarrer Heinrich große Hackmann zusammen mit der St. Willehad Gemeinde in einer Pfarreiengemeinschaft geführt.
 
Seit Februar 2008 gehört St. Peter zur fusionierten St. Willehad Gemeinde Wilhelmshaven unter der Leitung von Dechant Andreas Bolten.